Avogadro(分子编辑器)

　　Avogadro软件是一款化学分子编辑软件，可以帮助您编辑分子结构图，其实书本上的分子图案都是利用软件设计的，通过电脑的高级运算功能以及专业软件的分子设计功能，可以帮助分子研究人员快速建立分子的结构图，您可以在Avogadro(分子编辑器)上自由编辑分析的结构，可以模拟各种物质的分子，可以自动建立分子模型图，可以将分析图形保存为图片或者是直接通过3D打印输出分析三维图形，让您可以最快完成分子的设计、测量、优化、建模、以及最后的输出保存！

软件功能

　　它提供了灵活的渲染和强大的插件体系结构的开发。

　　该计划支持的分子具有集成的分子力学和片段数据库的交互性的建筑。

　　提供的输入生成GAMESS、MOPAC或高斯的计算。

　　对于可视化，程序支持晶体单元细胞等值面和轨道高斯多维数据集和OpenDX。

　　提供了原子键的设计，自动生成分子的原子键结构

　　支持化学分析模型设计，可以在软件设计三维分子结构图

　　支持多种先进的化学分子模型设计，用于教学或者研究都是很实用的

软件特色

　　Avogadro软件设计非常灵活，可以获取最好的分析结构

　　可以帮助化学工作者分析分子、原子结构

　　提供最方便的分子绘图方式，可以直接生成分子

　　支持生成原子键，并且是自动的

　　支持颜色设置，Avogadro软件的分子结构图可以设置颜色

　　支持多线程的分子结构自动连接功能

　　可以添加分析的化学包插件

　　Avogadro软件是免费的，可以随便使用

安装方法

　　1、下载Avogadro-1.0.2-win32.exe程序，点击下一步开始安装软件

　　2、这里是软件的协议，点击同意以后可以进入安装

　　3、查看软件的安装地址，可以选择设置一个ico图标，可以安装组件

　　4、设置软件的保存地址C:Program Files (x86)Avogadro，这里的地址是可以修改的

　　5、设置一个保存软件图标的地址，其实就是将软件的快捷方式保存在“Avogadro”

　　6、查看软件的安装提示，这里可以显示所有安装的细节，等待即可

　　7、提示Avogadro安装结束，点击完成退出安装

使用方法

　　1、启动Avogadro以后，就会直接进入编辑的界面，您使用鼠标左键点击空白区域就可以生成分子结构

　　2、如图所示，这里是分子的显示区域，可以在这个窗口同时添加多个分子，双击不需要的分子，可以撤销

　　3、如图所示，选择的分析结构图就是这样的，您可以拖动分子，建立更多的分子模型图

　　4、当您拖动一个分子的结构，Avogadro也会立即将分子显示在拖动生成的结构上

　　5、可以设置更多的原子结构，显示的操作界面就是这样的，Avogadro对于分析分子变化是非常有用的

　　6、这里是放大查看Avogadro分子的的界面，滚动鼠标就可以自动显示大图，方便您分析每一个分子结构

　　7、查看分子是可以显示颜色的，当您需要自己渲染分子不同颜色的时候，点击界面的功能栏，点击保存即可

　　8、这里是Avogadro自动生成结构图的功能，点击第一个英文，就可以显示所有的分子连接方式

更新日志

　　1、增加了一个量子化学软件包

　　2、提供了输入生成和输出分析

　　3、可以输出为VRML模型的原子键

　　4、可以将设计的分子结构打印

　　5、修正了一个错误，蛋白质数据

　　6、修正了从网络中获取分子的bug，包括“化学名称”