FlowJo 10(流式细胞分析软件)

　　FlowJo是一款十分专业的流式细胞分析软件，通过该软件，用户可以设置相关细胞数据，从而分析细胞在各种状态下的数剧变化，有利于在医学上进行各项科学研究；软件采用色彩丰富的二维图进行系统分析，可以让用户更直观的了解细胞的状态变化；软件技术先进，模拟分析数据价值高，拥有流动室和液流驱动系统，光电转换器和数据处理系统等先进的科学技术，能够满足研究人员的各项需求，帮助用户进行更高层次的研究分析；需要的朋友赶快下载试试吧！

流式细胞技术

　　流式细胞技术工作原理是在细胞分子水平上通过单克隆抗体对单个细胞或其他生物粒子进行多参数、快速的定量分析。它可以高速分析上万个细胞，并能同时从一个细胞中测得多个参数，具有速度快、精度高、准确性好的优点，是当代最先进的细胞定量分析技术之一。光源、液流通路、信号检测传输和数据的分析系统是流式细胞仪的主要组成。目前临床中运用流式细胞仪进行外周血白细胞、骨髓细胞以及肿瘤细胞等的检测是临床检测的重要组成部分。

软件功能

　　A.阶梯式设门

　　FlowJo独特的阶梯式设门试一次革命性的创新。他一改传统复杂的逻辑门设置，将细胞群之间的逻辑关系用简单的递进阶梯式去呈现，并可以自定义细胞群名称、进而直观的现实细胞群统计值，让分析结果一目了然，简单清晰。

　　B.图像呈现法

　　B1.多维参数显示

　　FlowJo提供了灵活的数据呈现方式，全方位满足用户的数据分析需要。它可以呈现一维的直方图，传统的二维图形，及动态立体的三维图形，从多个角度和空间对数据进行360°的静态以及动态解析。

　　B2.多种图形类型

　　FlowJo除了提供传统的散点图，还提供多种图形类型（如密度图，等高图，伪色图，斑马图等），在满足不同分析需求的同时还保证了图像的美观和科学严谨需求。

　　C.多种设门工具

　　设门是流失数据分析中界定细胞目标群的必要手段，不管要检测的目标细胞群是规则分布还是不规则分布，小概率事件还是大概率事件，FlowJo提供了多种设门工具，从而让用户方便的界定各种细胞群。

　　D.强大的批量处理功能

　　用户可以做一个样品的门分析，然后将这个分析批处理应用到其他样品上；也可以做一个样品的图形分析，然后将这个分析批处理用到其他样品上。这样避免了对每一个样品进行重复性试验的分析，即保证了数据分析的一致性及灵活性，同时也极大地提高了分析的效率并且得到完美的分析结果。

　　D1.门的批处理

　　你可以将一个样品的门分析，批量应用到其他的样品上。整个过程只需要轻轻拖动鼠标就可完成，非常简单。

　　D2.图形分析的批处理

　　图像处理也可以用批量分析的方法，将一个样品的分析应用到其他样品上。

　　E.多种分析平台及工具

　　FlowJo自身包含了多个特殊的分析平台来满足细胞周期，细胞增殖，动力学（钙离子流量）等的分析。这些平台采用权威的已发表的模型算法原理设计，来精确模拟数据分布。FlowJo还包含了多种独特的分析工具，如数据联结、衍生参数轴、校准、Backgating、Show Ancestry、Sample Comparision等，让你对数据作进一步的深层分析及处理。

　　F.荧光补偿

　　荧光补偿是六十分析里面一个重要的概念也是一个复杂的过程，却是流式分析必不可缺的部分。软件补偿一改过去在机器上手动调节补偿的冗长复杂过程，大大简化了荧光补偿过程，将补偿数据的过程变成一个可理解，可见的简单过程，同时提供了在机器上手动补偿所没有的精确度和灵活性。

　　G.灵活方便的数据导出

　　数据的导出在FlowJo里面非常的轻松方便。不管是图形数据还是数据表格，都可以方便的导出成各种格式用来做数据的分享和发表。

软件特色

　　1、省时，批量分析样本；

　　2、分析和自动控制；

　　3、制作信息电影

　　4、研究分子相互作用，可视化化合物优先次序和化合物结构改造

　　5、基于结构的药物设计中，同时考虑多参数的分子结构

　　6、改造的成功率远高于只考虑亲和性的结构

　　7、能将已有的相关参数与实时3D可视化图形相结合

安装方法

　　1、下载解压文件，找到FlowJo-Win64-10.2.exe双击安装

　　2、选择安装位置C:Program FilesFlowJo V10

　　3、创建菜单文件夹

　　4、安装预览

　　5、正在安装，请稍后

　　6、安装完成

使用说明

　　FlowJo for Mac推出一些非常复杂的多变量分析的操作友好的前端，使人们有可能仅仅通过左右拖动图标生成功能强大的批量处理。用它来处理数百个样品，并建立完整的表 格和图形的布局。丰富的多边形门，出版质量的图表。图表和表格出口到要执行任何后续处理步骤。填写演示序号登记表30天的许可证。

常见问题

　　1.散点图中怎样调整坐标轴的范围

　　(备注：只有FCS3.0格式的数据可以在散点图中调整坐标轴的范围。)

　　点击坐标轴旁边的“T”按钮，选择“Change displayed parameter range”，

　　在弹出的对话框中输入坐标轴范围的最小值和最大值。

　　2. 直方图中怎样调整Y轴的范围

　　在图形窗口中打开“option”选项，在“Y Axis”中选择“Auto”或者“Manual”，

　　Auto：自动，软件能自动调整Y轴的范围，将整个直方图显示出来

　　Manual：手动，需要在后面的“Max”选项中手动输入Y轴标度的最大值，然后按“回车键”确认。

　　比如，在此例中需要将“Max”值设为160。

　　3. 反向设门：怎样显示子细胞群在其祖先细胞群中的位置

　　在布局页中右键单击某个细胞群的图，在弹出的下拉菜单中选择“Show Backgating”

　　4. 输出图形时怎样自动对齐

　　在布局页中选中需要对齐的多个图形，到布局页的“排齐”菜单中选择对齐的类型，常用的有：顶端对齐(Tops)、底部对齐(Bottoms)、左对齐(Lefts)、右对齐(Rights)

　　5. 输出图片的格式有哪几种，哪种的分辨率最高

　　可输出的图形格式有6种：PNG, JPG, GIF, SVG, EMF, PDF。其中，SVG为可缩放矢量图形，EMF格式可以在microsoftoffice里面进行编辑。

　　在做图形输出的时候，如果是用作PPT的话，建议在FlowJo里面编辑完毕后再直接将完整的report输出到PPT，不建议在PPT里面做图形编辑。如果一定要在PPT做图形编辑的话，需将图片保存为EMF格式，这样可以在PPT2003版本里面做ungroup，进行单个编辑，不过图片插入PPT后，转变为PPT可识别的图，将会降低分辨率。

　　如果是用作发表文章的话，建议将图片保存为PDF格式，再在专业的图片编辑器如Photoshop或者Illustrator里面进行编辑，再输出为杂志要求的文件格式，一般为JPG,现在也有杂志倾向于接收PDF图片。

　　FlowJo默认的图形输出格式为PNG格式，如果需要更改，到“编辑”菜单栏里选择“偏好设置>文件格式”，在“布局编辑器”的输出格式类型中选择：

　　6. 是否可以调整伪色图中每个点所表示的细胞个数，即调整点的数目，使其分辨率更高

　　不可以调整。但是Dot Plot可以调整。(具体内容请参考博文：如何比较不同细胞数目的流式数据?)

　　7. 应用模板分析数据时，导入数据之后，布局编辑器里的图形批处理结果显示为“No Population”

　　在这个例子中，在布局页中选择“Exp1”，然后点击“Batch”按钮，重新批处理一次，便可得到结果。

　　8. Mean, Median, Mode, Geom.Mean的区别

　　Mean：平均荧光强度

　　Median：荧光强度的中位数

　　Mode：众数，是一组数据中出现次数最多的数值

　　Geometric mean：几何平均数，是指n个观察值连乘积的n次方根，计算公式为：

　　在标准的高斯分布情况下，Median=mean=mode. 通常在流式中因为总会有异常值(超高或者超低值)的存在，不是完美的高斯分布，建议使用Median，降低异常值对数据的影响。

　　9. 对于不同样本，目标细胞群所设的门的范围及位置不相同，是否影响可比性

　　不影响。同一组实验中的不同样本，目标细胞群的位置和分布范围可能会有变化，在设门的时候，需要将目标细胞群都划在门内;而在分析数据的时候，是以统计学方法分析整个细胞群的分布情况，得到百分比以及平均荧光强度等数据。因此不会影响可比性。