winplas(质粒绘图软件)

　　winplas是一款多功能的质粒绘图软件，通过该软件，用户可以轻易的绘制发表质量的质粒图，软件具有智能识别功能，它可以将各类序列进行重新排布，无论是否知道质粒的原始序列都能绘制质粒图，非常实用，在对质粒限制酶的位置查找也非常快捷，用户只需将序列文件导入软件中，点击相应的数据查找，系统就会自动为您划分序列中的限制性酶切位点，方便用户对切位点进行标注整理工作，winplas的绘图功能非常完善，可广泛应用与论文、教材的质粒插图，需要的朋友赶快下载试试吧！

质粒介绍

　　质粒存在于许多细菌以及酵母菌等生物中，是细胞染色体外能够自主复制的很小的环状DNA分子，是附加到细胞中的非细胞的染色体或核区DNA原有的能够自主复制的较小的DNA分子（即细胞附殖粒、又胞附殖粒）。大部分的质粒虽然都是环状构型，它存在于许多细菌以及酵母菌等生物中，乃至于植物的线粒体等胞器中。然而，1984年，在Streptomyces coelicoler（天蓝色链霉菌）等放线菌以及在Borrelia hermsii（赫氏蜱疏螺旋体）等原核生物中，又相继发现线形质粒

软件功能

　　1， 无论是否知道质粒的原始序列都能绘制质粒图，像Vector NTI等综合软件也能绘制质粒图，但有一个前提就是首先得知道质粒得原始序列；

　　2， 可读入各种流行得序列格式文件，能方便地导入各种序列信息；

　　3， 可自动在识别序列中的限制性酶切位点；

　　4， 可对序列进行各种编辑，如：从文件插入序列、置换序列、序列编辑、部分序列删除等

　　5， 绘图功能强大，如：位点标签、任意位置文字插入、生成彩图、线性或环形质粒图谱，可输出到剪贴板或图像文件。

使用说明

　　1， 点击“文件”菜单中新建命令，出现MapView窗口，同时工具栏中地绘图命令显亮。

　　2， 点击“插入”菜单中的“空片断”命令，出现一个“Create New Plasmid”对话框。

　　3，－在Title栏中填入质粒名称

　　－在Base Pairs栏中填入质粒大小

　　－在Type单选框中设制质粒图谱为线型还是环形。

　　4， 点击“确定”后，在Map View窗口就会出现一个圆环，其中有质粒名称及质粒大小。

　　5， 添加文字描述、标记及弧。

　　①点击“Insert”菜单中“标记”命令或直接点击工具栏中的“标记”按钮，出现”Edit Maker Object”对话框。

　　－此时，在标记书签中的Base Pair填入添加Maker的位置，如591。

　　－在Label栏中，填入Maker的名称，如NheⅠ。同样可以改变NheⅠ的字体样式：加黑，斜体等。

　　－同样在Font书签中可以改变字体的样式、大小及颜色。

　　－点击OK，则在圆环591bp的相应位置出现NheⅠ的标记。

　　②点击“插入”菜单中“区域”命令，弹出”Edit Arc Object”对话框。

　　－在Arc书签中的Base Pair栏中，填入Arc的起始位置，如1254。

　　－在Length栏中填入Arc的长度，如701。在Label栏中填入Arc的名称，如EGFP。

　　－在Arc Style书签中，首先确定该Arc是否有箭头以及箭头的方向。分别对应none, 5‘→3‘,3‘→5‘,及双向。

　　－通过Width来确定Arc的宽度

　　－也可以调节箭头与Arc径宽度的比值

　　－改变填充样式以区分不同的Arc;改变Arc的颜色;同样也可以改变字体的样式、颜色等

　　－点击OK，则在图谱中1254-1955bp位置出现一个Arc，名称叫EGFP。

　　我们对初步得到的图谱进行编辑：

　　—对于任何一个项目，如需要修改，我们只需用鼠标左键选中它，并双击，即可出现相应的编辑窗口，如：

　　—对于文字及质粒名称、大小，我们可以用鼠标在任意位置拖放。

　　其它的修饰，点击Edit菜单中“质粒选项”命令，出现“质粒选项”对话框，在此，我们可以改变：

　　①、质粒环的粗细、大小（半径）环的颜色以及背景颜色。

　　②、标记连线的粗细、颜色以及标出Marker的位置。

　　③、Arc名称连线的粗细、颜色、Arc边缘的颜色。是否标记Arc的位置，并且可以把Arc的名称放在圆环的外面。

　　④、当我们绘出自己满意的图形后：

　　－可以直接通过打印机打印出来。“文件”菜单“打印”命令。

　　－保存为Winplas文件，以后可以直接用Winplas打开，“文件”菜单中“另存为”命令，选则保存位置及文件名即可。

　　－直接复制并到Word文档中粘贴。

相关知识

　　1、抗性质粒：它们带有抗性基因，可使宿主菌对某些抗菌素产生抗性，如对氨基苄青霉素，氯霉素等产生抗性。不同的细菌中也可含有相同的抗性质粒，如RP4质粒在假单胞菌属和其它细菌中都存在。R质粒还可以通过感染的形式在不同种的细菌中传播。

　　2、致育因子：可以通过接合在供体和受体间传递遗传物质。F因子约有1/3的DNA构成一个转移DNA的操纵子，约35个基因，负责合成和装配性伞毛。这就是DNA转移区域，受traJ基因产物的正调节。它还具有重组区和复制区。重组区含有多个插入顺序，通过这些插入顺序进行同源重组。在复制区有两个复制起始点：一个是OriV，供给F因子在宿主中自主复制时使用；另一个是OriT，供接合时进行滚环复制的起始点。

　　3、Col质粒：带有编码大肠杆菌素的基因。大肠杆菌素可杀死其它细菌。

　　4、降解质粒：这种质粒编码一种特殊蛋白，可使宿主菌代谢特殊的分子，如甲苯或水杨酸。

　　5、侵入性质粒：这些质粒使宿主菌具有致病的能力。如Ti质粒，此是在根癌农杆菌中发现的，现经过加工用来作植物转基因的一种常用载体。

　　6、隐秘质粒：不显示任何表现类型，主要通过物理方法才能发现。