Jmol(三维分子显示工具)

　　　jmol是一款分子查看软件，可以帮助你在软件上查看分子模型以及查看原子模型，提供多个数据显示，内置脚本编辑器，可以对显示的内容编辑，可以对查看分子模型的脚本编辑，支持查看氢、碳、氨、氧、磷、硫、氨基酸、核酸、杂原子等内容，你可以在显示菜单界面选择需要查看的内容，也可以对原子的显示方式定义，在原子显示界面可以选择15%范德华、20%范德华、25%范德华、100%范德华，支持的功能很多，需要的朋友可以下载体验！

软件功能

　　- 新的MUTATE命令可以轻松修改蛋白质残留，这与设置选择dragMinimize一起可以轻松调整突变组

　　- 生物分子注释，包括DSSR，RNA3D，EBI序列域和PDB验证数据

　　- 用于处理数组，数据表，平面和多面体的附加数学函数

　　- 简化的JmolSQL，用于处理注释和其他基于数组的数据

　　- 新的DRAW和CGO选项，包括简单的PostScript图形阅读

　　- 在弹出窗口或网页上的位置内显示图像的新功能

　　- 融入NBO（仍处于开发阶段）

　　- 几个重要的新负载选项，包括容量填充

　　==（而不是单元格填充）的晶体数据，晶格缩放，

　　- 与多面体有关的重大改进，包括扩展

　　立体化学SMILES和SMARTS到原子环境，多面体匹配和polyhedra（）函数。

　　- 为调制结构CIF文件加载添加勒让德多项式

　　- 整合到AFLOW计算固态物理项目中、

软件特色

　　1、jmol是提供化学结构查看功能，可以帮助你查看分子的结构

　　2、可以通过3D的方式查看分子结构

　　3、软件基于Java开发，具有化学品，晶体，材料和生物分子的特征

　　4、新功能：“...”。split（“ t”，true）//将字符串拆分为数组数组

　　5、新功能：“....”。split（“”，true）//将字符串CSV拆分为数组数组

　　6、AFLOW二元合金文件阅读器可以过滤“list = xx”以生成值列表

　　7、支持动画显示，一次、循环、停止动画、回到第一帧、转到上一帧

　　8、在显示界面可以设置标签、矢量、缩放、透视深度、坐标轴、边界框、氢原、向量、测量调整大小

使用方法

　　1、下载以后点击“jmol.bat”启动，这里提供很多说明文件，用户可以查看相关的描述

　　2、jmol.bat的启动界面就是这样的，等待数据加载完毕

　　3、查看的界面如下图，可以在这里建立新的查看内容

　　4、打开功能，可以将你需要查看的内容打开

　　5、获取PDB功能，输入四字母的PDB模型D或“=”和一个三位数配合基ID

　　6、获取MOL功能，输入一个化合物的名字或ID(SMILES,inchi,CAS），前言带“：”从PubChem导入，不然Jmol将会用NCI/NIH分解器

　　7、提示Jmol控制台，可以在这里显示脚本内容，显示编辑器内容

　　8、编辑器的界面在这里显示，可以打开新的脚本

　　9、显示设置功能，可以显示氢原子，可以显示量度，透视深度、坐标轴、边框

　　10、 RasMolChime兼容的坐标轴方向旋转、文件预览(需重启jmol)，清除历史(需要重启Jmol)

　　11、原子设置界面，可以显示默认原子尺寸、范德化华半径百分比)

　　12、化学键功能，可以计算化学键，支持自动化模式以及不计算化学键

　　13、提示默认键半键的设置界面，键的容许误差:两个键的半径+这个值

　　14、选取功能，支持氢、碳、氨、氧、磷、硫、氨基酸、核酸、杂原子、水

使用说明

　　JmolApplet0.jar，JmolApplet0（fewSuffixes）.jar ==== applet，即仅在嵌入网页时运行的程序版本。

　　applet根据其功能分为几个部分，因此如果页面不需要组件，则不会从服务器下载该组件。

　　即使您的页面没有使用某些文件提供的功能，仍然建议您将所有JmolApplet0 * .jar文件放在您的服务器上，因为弹出菜单和Jmol控制台都允许用户访问Jmol的部分内容可能没有考虑过。

　　如果您使用Jmol.js（这是推荐的方法），这个拆分版本将默认使用。为此，使用最简单的jmolInitialize（）形式，只是指示包含jar文件集的目录或文件夹：jmolInitialize（“directory-containing-jar-files”）

　　例如，

　　jmolInitialize（ “”）

　　（如果jar文件与网页位于同一文件夹中）jmolInitialize（“../ jmol”）

　　（如果jar文件位于并行文件夹中，名为'jmol'）

　　4.1.2 ==== JmolAppletSigned0.jar，JmolAppletSigned0（fewSuffixes）.jar ====

　　applet的等效版本，但这是一个“签名”applet（Java安全语言中的术语）。这意味着它必须由网页访问者授权才能运行，但是它对文件访问的安全性限制较少。例如，它可以访问用户硬盘任何部分或任何其他Web服务器上的文件。

　　通常，用户会收到一条消息，询问他们是否要接受“证书”，或者他们是否“信任”小程序（“请参阅下面的注释”）。 JmolAppletSigned.jar应该考虑到这一点。除了读取文件之外，Jmol目前还没有使用签名小程序的其他功能，例如访问系统剪贴板或编写文件。仅在您知道自己在做什么并考虑了安全问题时才使用。

　　要在Jmol.js中使用它，请使用以下格式：jmolInitialize（“directory-containing-jar-files”，true）

　　或jmolInitialize（“directory-containing-jar-files”，“JmolAppletSigned0.jar”）